Das Team von Nationalparks Austria koordiniert unter der Leitung der acht Nationalparkdirektor:innen die gemeinsamen Projekte. Die Umsetzung erfolgt dabei stets in enger Zusammenarbeit mit den Mitarbeiter:innen der acht Nationalparkverwaltungen sowie der Fachabteilung für Nationalparks, Natur- und Artenschutz des Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft, Klima- und Umweltschutz, Regionen und Wasserwirtschaft.
Die zu diesem Zweck eingerichteten Arbeitsgruppen, die sich mehrmals im Jahr zu unterschiedlichen Themen treffen, dienen als Plattform für den kontinuierlichen Austausch und Weiterentwicklung.

Das Büro des Vereins Nationalparks Austria ist an die Räumlichkeiten der Verwaltung des Nationalpark Donau-Auen angegliedert und befindet sich im Schloss Orth in Orth an der Donau.