Das Nördliche Riesenauge zählt zu den aktuell 150 im Nationalparkgebiet nachgewiesenen endemischen (und damit auf ein bestimmtes geographisches Areal beschränkten) Tierarten. Uns Menschen bleibt das Spinnentier in der Regel verborgen, da es in den senkrechten Kalkfelsen der Alpinstufen lebt.

Mit dem Flussuferläufer ist auf den Schotterbänken und -inseln des Gesäuse eine besonders rare Watvogelart zu sichten. Da sie ihre Eier gut getarnt zwischen den Steinen ablegt und auch ihre Jungen dort aufzieht, ist das Betreten der Schotterbänke abseits gekennzeichneter Aus- und Einstiegsstellen strikt verboten.

Gämsen bevorzugen den felsigen Lebensraum, steigen aber auch ins Tal hinab. Im Nationalpark Gesäuse sind die Säuger selbst auf steilsten Felswänden zu sichten. Während der Brunft im November liefern sich die Böcke waghalsige Verfolgungsjagden, um die Gunst der Geißen zu erringen.

Die Zierliche Federnelke ist in ihrem Vorkommen etwa auf die Region zwischen Dachstein und Hochschwab beschränkt. Die rosafarbenen Blüten der endemischen Pflanzenart zeigen sich von Mai bis Juli und verströmen einen angenehmen, honigartigen Duft. Durch Eingriffe in ihren Lebensraum ist die attraktive Pflanze allerdings außerhalb des Nationalparks stark gefährdet.

Ebenfalls zu den endemischen Pflanzenarten gehört der in der Steiermark geschützte Nordöstliche Alpen-Mohn. In den Gesäusebergen ist er sowohl auf den Schuttfluren der hohen Lagen als auch in talnahen Schuttrinnen zu finden.

Der Frauenschuh ist die größte in Österreich heimische Orchideenart und steht unter strengem Schutz. Interessant ist die Pflanze nicht zuletzt aufgrund ihrer speziellen Fortpflanzungsart, die eine Bestäubung durch Wildbienen vorsieht. Sind diese Insekten einmal in der Kesselfalle gelandet, können sie die Pflanze nicht mehr verlassen, ohne Pollenmasse auf dem Rücken abzutransportieren.